O equilíbrio entre a gestão independente da Fundação Francisco Dornelles e a necessidade de manter um vínculo estreito com a vida partidária é mantido por uma articulada organização em conselhos.
Quatro Conselhos constituem a estrutura básica da Fundação:
Conselho Deliberativo, composto por 31 integrantes, é o órgão máximo da entidade. Seus membros são indicados, pelo partido ao qual está vinculada a Fundação e, uma vez empossados, elegem os integrantes dos demais Conselhos.
Conselho Diretor, composto por 9 membros, é o órgão “executivo”, sendo responsável pela gestão administrativa da Fundação.
Conselho Técnico, com 31 membros, tem a finalidade de examinar e avaliar as atividades culturais a serem desenvolvidas pela Fundação, assessorando o conselho Diretor na sua preparação e implementação.
Conselho Fiscal, com 5 integrantes, tem como finalidades, “auditar” a gestão econômico-financeira da entidade, examinar suas contas e emitir pareceres a serem submetidos anualmente ao Conselho Deliberativo.